۱. تاریخ ثوره نجف نویسنده: محمدامین امامی خوئی • میراث اسلامی ایران، کتابخانه بزرگ حضرت آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)، گنجینه جهانی مخطوطات اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۳۷۳ش.، 10 جلد

۲. فهرست آل بابویه و علماء البحرین به اهتمام: دکتر سید محمود مرعشی نجفی نویسنده: سلیمان بن عبدالله ماحوزی (محقق بحرانی) • کتابخانه بزرگ حضرت آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)، گنجینه جهانی مخطوطات اسلامی، قم، ۱۴۰۴ق.

۳. مصادر الحدیث و الرجال مسرد ببلیو غرا فی لعشره من اهم مصادر الحدیث و الرجال عند الشیعه الامامیه • دلیل ما، چاپ اول، قم، ۱۴۳۲ق. برابر ۱۳۹۰ش. برابر 2011م.

۴. إجازات الحدیث التی کتبها شیخ المحدثین ومحیی معالم الدین المولی محمد باقر المجلسی الإصبهانی • اجازات الحدیث، کتابخانه، موزه و مرکز اسناد مجلس شورای اسلامی، چاپ اول، تهران، ۱۳۹۰ش. • اجازات الحدیث، کتابخانه بزرگ حضرت آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)، گنجینه جهانی مخطوطات اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۴۱۰ق.، اشراف: دکتر سید محمود مرعشی نجفی

۵. گزیده نسخه های خطی کتابخانه فاضل خوانساری • میراث اسلامی ایران، کتابخانه بزرگ حضرت آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)، گنجینه جهانی مخطوطات اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۳۷۳ش.، 10 جلد

۶. ستون لوحة فنیة فی 60 [شصت] حزب من القرآن الکریم نویسنده: احمد حسینی • إحیاء التراث الإسلامی، چاپ اول، قم، ۱۴۲۵ق. برابر ۱۳۸۳ش. برابر 2004م.

۷. وصف العلماء نویسنده: محمد بن فیض کاشانی • میراث اسلامی ایران، کتابخانه بزرگ حضرت آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)، گنجینه جهانی مخطوطات اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۳۷۳ش.، 10 جلد

۸. دلیل المخطوطات • چاپخانه علمیه، قم، ۱۳۹۷ق.

۹. مؤلفات الزیدیة • کتابخانه بزرگ حضرت آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)، گنجینه جهانی مخطوطات اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۴۱۳ق.، 3 جلد

۱۰. فهرست نسخه های خطی مرکز احیاء میراث اسلامی سرشناسه: مرکز احیاء میراث‌ اسلامی‌ • مجمع ذخائر اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۳۷۷ش.، 14 جلد

۱۱. فهرست نسخه های خطی کتابخانه عمومی حضرت آیة الله العظمی مرعشی نجفی سرشناسه: کتابخانه عمومی حضرت آیة الله العظمی مرعشی نجفی زیر نظر: دکتر سید محمود مرعشی نجفی • کتابخانه بزرگ حضرت آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)، گنجینه جهانی مخطوطات اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۳۹۰ش.، 40 جلد، اشراف: دکتر سید محمود مرعشی نجفی، اشراف (ج.40): محمدحسین امینی • چاپخانه ولایت، چاپ دوم، قم، ۱۳۶۵ش.، 34 جلد، اشراف: دکتر سید محمود مرعشی نجفی

۱۲. راهنمای نسخه های خطی کتابخانه عمومی حضرت آیة الله العظمی مرعشی نجفی سرشناسه: کتابخانه‌ عمومی‌ حضرت‌ آیت‌الله‌ عظمی‌ مرعشی‌ نجفی‌ نویسنده جلد 3: میر محمود موسوی، حسین متقی • کتابخانه بزرگ حضرت آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)، گنجینه جهانی مخطوطات اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۳۷۱ش.، 3 جلد، اشراف: دکتر سید محمود مرعشی نجفی

۱۳. فهرست نسخه های خطی کتابخانه مفتی الشیعه( ایران ـ قم ) سرشناسه: کتابخانه‌ مفتی‌ الشیعه‌ (قم) • مجمع ذخائر اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۴۲۳ق.

۱۴. فهرست نسخه های خطی کتابخانه مؤسسه امام صادق علیه السلام (قم - ایران) سرشناسه: موسسه‌امام‌صادق (ع). کتابخانه • مجمع ذخائر اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۴۲۵ق.

۱۵. فهرست نسخه های خطی کتابخانه عمومی حضرت آیة الله العظمی گلپایگانی نویسنده جلد 2،3: آیة الله رضا استادی • خیام، قم، ۱۳۵۷ش.، 3 جلد

۱۶. فهرست نسخه های خطی کتابخانه مدرسه آیت الله بروجردی( کرمانشاه ـ ایران ) سرشناسه: مدرسه‌ آیه‌الله‌ بروجردی‌ (قده‌). کتابخانه‌ • سرور (چاپخانه)، چاپ اول، بی جا، ۱۳۸۰ش.

۱۷. فهرست نسخه های خطی کتابخانه صدوقی یزد( یزد ـ ایران ) سرشناسه: کتابخانه‌ صدوقی‌ یزدی‌ • مجمع ذخائر اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۳۸۳ش.

۱۸. فهرست نسخه های خطی کتابخانه فرهنگ و ارشاد اسلامی (کاشان ـ ایران) سرشناسه: ایران. وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی. اداره کل فرهنگ و ارشاد اسلامی کاشان. کتابخانه • مجمع ذخائر اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۳۸۱ش.

۱۹. فهرست نسخه های خطی خاندان میبدی(کرمانشاه ـ ایران) • مجمع ذخائر اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۳۸۱ش.

۲۰. فهرست نسخه های خطی خورشید گردیزی (ملتان ـ پاکستان) • مجمع ذخائر اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۳۸۰ش.

۲۱. مخطوطات مکتبة النجومی( کرمانشاه ـ ایران ) سرشناسه: کتابخانه‌ نجومی‌ (کرمانشاه‌) • مجمع ذخائر اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۴۲۴ق.

۲۲. مخطوطات مکتبة مدرسه الامام البروجردی( کرمانشاه ـ ایران ) سرشناسه: مدرسه آیت‌الله بروجردی (کرمانشاه).کتابخانه • مجمع ذخائر اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۴۲۴ق.

۲۳. مخطوطات مکتبة المیبدی( مشهد ـ ایران ) سرشناسه: کتابخانه میبدی (مشهد) • مجمع ذخائر اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۴۲۴ق.

۲۴. مخطوطات مکتبة المرتضوی (مشهد ـ ایران) سرشناسه: کتابخانه مرتضوی (مشهد) • مجمع ذخائر اسلامی، چاپ اول، ۱۴۲۴ق.

۲۵. مخطوطات دزفول (مدرسه النبوی والسید النبوی) (دزفول - ایران) سرشناسه: مدرسه نبوی (دزفول). کتابخانه • مجمع ذخائر اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۴۲۴ق.

۲۶. مخطوطات مکتبة عبدالعظیم الهادی ( ضحیان ـ الیمن ) سرشناسه: مکتبه‌ عبدالعظیم‌ الهادی‌ (ضحیان‌، یمن‌) • مجمع ذخائر اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۴۲۴ق.

۲۷. مخطوطات مکتبة الإمام الهادی( مشهد ـ ایران ) سرشناسه: مجتمع‌ ‌امام‌ ‌هاد‌ی‌(‌ع‌).کتابخانه‌ • مجمع ذخائر اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۴۲۴ق.

۲۸. مخطوطات مکتبة الاردبیلی( قم ـ ایران ) سرشناسه: کتابخانه‌ اردبیلی‌ (قم‌) • مجمع ذخائر اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۴۲۴ق.

۲۹. مخطوطات مکتبة المدرسة الإسماعیلیة( شاهرود ـ ایران ) سرشناسه: مدرسه‌ اسماعیلیه‌ (شاهرود). کتابخانه‌ • مجمع ذخائر اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۴۲۴ق.

۳۰. مخطوطات السید الرضوی( کراتشی ـ باکستان ) سرشناسه: کتابخانه‌ سید رضوی‌ (کراچی‌) • مجمع ذخائر اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۴۲۴ق.

۳۱. مخطوطات مکتبة الجزائری النجفی (النجف الاشرف ـ العراق ) سرشناسه: مکتبه‌ الجزائری‌ النجفی‌ (نجف‌ اشرف‌) • مجمع ذخائر اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۴۲۴ق.

۳۲. مخطوطات مکتبة فحول القزوینی( قزوین ـ ایران ) سرشناسه: کتابخانه‌ فحول‌ قزوینی‌ (قزوین‌) • مجمع ذخائر اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۴۲۴ق.

۳۳. فهرست نسخه های کتابخانه شخصی میبدی( کرمانشاه ـ ایران ) سرشناسه: کتابخانه میبدی (کرمانشاه) • مجمع ذخائر اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۳۸۴ق.، 2 جلد

۳۴. فهرست مخطوطات الشیخ محمد الرشتی المهداة إلی مکتبة الإمام الحکیم العامة فی النجف الاشرف • مکتبة الإمام الحکیم العامة، نجف، ۱۳۹۱ق.

۳۵. تراجم الرجال مجموعة تراجم الأعلام الأکثرهم مغمورون تنشر موادها التاریخیة الأول مرة • کتابخانه بزرگ حضرت آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)، گنجینه جهانی مخطوطات اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۴۱۴ق.، 2 جلد

۳۶. السیدة سکینة بنت علی علیه السلام • دار الذخائر، قم، ۱۴۱۲ق.

۳۷. تلامذة العلامة المجلسی والمجازون منه • کتابخانه بزرگ حضرت آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)، گنجینه جهانی مخطوطات اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۴۱۰ق.، اشراف: دکتر سید محمود مرعشی نجفی

۳۸. حیاة الشریف المرتضی • مطبعة الآداب، چاپ اول، نجف، ۱۳۸۵ق.

۳۹. فهرست نسخه های خطی کتابخانه مؤسسه حضرت آیة الله العظمی بروجردی سرشناسه: موسسه حضرت آیه‌الله‌العظمی بروجردی (قم). کتابخانه • مجمع ذخائر اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۳۸۴ش.، 2 جلد

۴۰. الإمام الثائر السید مهدی الحیدری • مطبعة الآداب، چاپ اول، نجف، ۱۳۸۶ق.

۴۱. فهرست نسخه های خطی کتابخانه مدرسه خان (یزد ـ ایران) سرشناسه: مدرسه خان (یزد). کتابخانه • مجمع ذخائر اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۳۸۴ش.

۴۲. التراث العربی فی خزانة مخطوطات مکتبة آیة الله العظمی المرعشی النجفی سرشناسه: کتابخانه عمومی حضرت آیت‌الله عظمی مرعشی نجفی • کتابخانه بزرگ حضرت آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)، گنجینه جهانی مخطوطات اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۴۱۴ق.، 6 جلد

۴۳. فهرست کتب خطی کتابخانه سید محمد حجت کوهکمره ای • مجمع ذخائر اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۴۱۹ق.

۴۴. فهرست مخطوطات خزانة الروضة الحیدریة فی النجف الاشرف • مطبعة النعمان، چاپ اول، نجف، 1971م.

۴۵. فهرست نسخه های خطی دانشگاه بوعلی (همدان- ایران) سرشناسه: دانشگاه بوعلی‌سینا. کتابخانه • مجمع ذخائر اسلامی، قم، ۱۳۸۴ش.

۴۶. شاعران فارسی سرا • مجمع ذخائر اسلامی، چاپ دوم، قم، ۱۳۸۵ش.

۴۷. فهرست نسخه های خطی کتابخانه مدرسه علمیه آیة الله العظمی خوئی قدس‌ سره‌ مشهد مقدس‌ - ایران‌ سرشناسه: مدرسه‌ علمیه‌ آیت‌ الله‌ العظمی‌ خوئی‌. کتابخانه‌ • مجمع ذخائر اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۳۷۷ش.

۴۸. علی هامش الذریعة • نشر نور، قم، ۱۴۳۰ق.

۴۹. عقل و ذوق (تألیف و تحقیق) نویسنده: علی مظهر اصفهانی • دلیل ما، چاپ اول، قم، ۱۳۹۰ش.

۵۰. فهرس مخطوطات مکتبة آیة الله النجفی • قبیله عالمان دین، عسکریه، چاپ اول، قم، ۱۳۸۱ش.

۵۱. عرض حال • دار المحقق، چاپ اول، قم، ۱۴۰۱ش.

۵۲. رابطة العالم الاسلامی قبس من ولاء علی علیه السلام نویسنده: میرزا خلیل کمره ای • چاپخانه علمیه، قم، ۱۳۹۲ق.

۵۳. الامام الحسین علیه السلام و اصحابه (تحقیق) عرض‌ تاریخی‌ معمق‌ لواقعه‌ الطف‌ و استشهاد الامام‌ الحسین‌ علیه‌السلام‌ و تراجم‌ تحقیقیه‌ لمن‌ حضر الواقعه‌ من‌ الاصحاب‌ رجالا و نساء نویسنده: فضل علی قزوینی • قم، ۱۴۱۵ق.

۵۴. دیوان ابی المجد العلامه الاکبر الشیخ محمدالرضا النجفی الاصبهانی (تحقیق) شاعر: آیة الله شیخ محمدرضا نجفی اصفهانی مسجدشاهی • دیوان ابی المجد الشیخ محمد رضا النجفی الاصبهانی ، د‌ار ‌الذخائر [مرکز پخش‌]، چاپ اول، قم، ۱۴۰۸ق. برابر ۱۳۶۶ش.

۵۵. قواعد المرام فی علم الکلام (تحقیق) نویسنده: ابن میثم بحرانی • کتابخانه بزرگ حضرت آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)، گنجینه جهانی مخطوطات اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۳۹۸ق.

۵۶. ریاض العلماء وحیاض الفضلاء (تحقیق) نویسنده: عبدالله افندی إصبهانی • کتابخانه بزرگ حضرت آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)، گنجینه جهانی مخطوطات اسلامی، قم، ۱۴۰۱ق.، 7 جلد، به کوشش: دکتر سید محمود مرعشی نجفی

۵۷. تکملة أمل الآمل (تحقیق) نویسنده: آیة الله سید حسن صدر • کتابخانه بزرگ حضرت آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)، گنجینه جهانی مخطوطات اسلامی، قم، ۱۴۰۶ق.، به کوشش: دکتر سید محمود مرعشی نجفی

۵۸. تعلیقة أمل الآمل (تحقیق) نویسنده: عبدالله افندی إصبهانی • کتابخانه بزرگ حضرت آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)، گنجینه جهانی مخطوطات اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۴۱۰ق.، اشراف: دکتر سید محمود مرعشی نجفی

۵۹. تتمیم أمل الآمل (تحقیق) نویسنده: عبدالنبی قزوینی • کتابخانه بزرگ حضرت آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)، گنجینه جهانی مخطوطات اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۴۰۷ق.، به کوشش: دکتر سید محمود مرعشی نجفی

۶۰. تبصرة المتعلمین فی أحکام الدین (تحقیق) نویسنده: علامه حلی • مجمع ذخائر اسلامی، قم، محقق: هادی یوسفی، با تعلیق: محمد قائنی • موسسة الاعلمی للمطبوعات، چاپ سوم، بیروت، ۱۴۰۴ق.، محقق: هادی یوسفی، با مقدمه: حسین اعلمی

۶۱. فقه القرآن (تحقیق) نویسنده: قطب الدین راوندی • کتابخانه بزرگ حضرت آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)، گنجینه جهانی مخطوطات اسلامی، قم، ۱۳۹۷ق.، 2 جلد، مصحح: دکتر سید محمود مرعشی نجفی

۶۲. ما نزل من القرآن فی اهل البیت (‌علیهم‌‌السلام‌) (تحقیق) نویسنده: حسین بن حکم، قرن3ق. • مجمع ذخائر اسلامی، چاپ اول، قم، 1975م.

۶۳. ضیافة الاخوان و هدیة الخلان (تحقیق) نویسنده: رضی الدین محمد قزوینی • مجمع ذخائر اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۳۹۷ق.

۶۴. نهج الایمان (تحقیق) نویسنده: علی ابن جبیر • مجتمع امام هادی علیه السلام، چاپ دوم، مشهد، ۱۴۱۸ق.

۶۵. الذخیره فی علم الکلام (تحقیق) نویسنده: الشریف علی بن حسین موسوی (سید مرتضی) • الجماعه المدرسین‌ فی‌ ‌الحوزه‌ ‌العلمیه‌ بقم‌، موسسه‌ ‌النشر ‌الاسلامی‌، قم، ۱۳۷۰ش.

۶۶. منیة المرید فی ادب المفید و المستفید (تحقیق) نویسنده: زین الدین بن علی عاملی (شهید ثانی) • مجمع ذخائر اسلامی، قم، ۱۴۰۲ق.

۶۷. امل الآمل فی تراجم علماء جبل عامل (تصحیح) نویسنده: شیخ حر عاملی • أمل الأمل، مکتبة الاندلس، چاپ اول، بغداد، ۱۳۸۵ق.، 2 جلد

۶۸. البیان عما فی لسان المیزان (مقدمه) دراسه‌ مقارنه‌ بین‌ الکتب‌ الرجالیه‌ الاربعه‌ عند الامامیه‌ و کتاب‌ لسان‌ المیزان‌ لابن‌ حجرالعسقلانی‌ نویسنده: مضر الحلو • مجمع ذخائر اسلامی، قم، ۱۴۲۳ق.

۶۹. محضر الشهود فی رد الیهود (مقدمه) نویسنده: حاج بابا قزوینی • مطبعة الآداب، نجف

۷۰. جواب المسائل التبانیات (ج1و2و3 با اشراف و اشراف و نشر و ج4 به کوشش) نویسنده: الشریف علی بن حسین موسوی (سید مرتضی) • رسائل الشریف المرتضی، دار القرآن الکریم، قم، ۱۴۰۵ق.، 4 جلد، ج 1و2و3 به کوشش: مهدی رجائی

۷۱. فضل زیارة الحسین (علیه السلام) (اعداد) نویسنده: محمد بن علی علوی شجری • کتابخانه بزرگ حضرت آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)، گنجینه جهانی مخطوطات اسلامی، ۱۴۰۳ق.، به کوشش: دکتر سید محمود مرعشی نجفی

۷۲. ملاذ الأخیار فی فهم تهذیب الأخبار[محمدبن‌ حسن‌ طوسی‌] به اهتمام: دکتر سید محمود مرعشی نجفی نویسنده: علامه محمد باقر مجلسی • کتابخانه بزرگ حضرت آیت الله العظمی مرعشی نجفی (ره)، گنجینه جهانی مخطوطات اسلامی، قم، ۱۴۰۷ق.، 16 جلد، محقق: مهدی رجائی

۷۳. فهرست نسخه های عکسی مرکز احیاء میراث اسلامی سرشناسه: مرکز احیاء میاث اسلامی نویسنده: سید جعفر حسینی اشکوری، سید صادق حسینی اشکوری • مجمع ذخائر اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۳۷۷ش.، 5 جلد

۷۴. مستدرک الذریعة الی تصانیف الشیعة (کوشش در نشر) • مجمع ذخائر اسلامی، چاپ اول، قم، ۱۳۹۴ش.، 2 جلد

۱. حدیث عشق جلد 1 به کوشش: سهل علی مددی جلد 2و3و5و6 به کوشش: نادر مطلبی کاشانی، محمد حسین مرعشی جلد 7 به کوشش: سید صادق حسینی اشکوری جلد 8 به کوشش: فریبا افکاری جلد 9 به کوشش: دکتر عبدالحسین طالعی • کتابخانه، موزه و مرکز اسناد مجلس شورای اسلامی، تهران، ۱۳۸۰ق.، 9 جلد

۲. رنج و گنج یادمان نامه میراث شناس معاصر سید احمد حسینی اشکوری به کوشش: سید صادق حسینی اشکوری • مجمع ذخائر اسلامی، چاپ اول، قم، آذر ۱۳۸۴ش.